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VASP编译

注意,不同版本的 VASP 编译过程不同,相同版本的 VASP 在不同集群环境下的编译过程也有所不同。

集群 3 编译 VASP 6.3.0

编译前需要ssh cu02切换到编译节点(cu02),并加载编译环境如下:
下载 VASP 安装包并解压。cd vasp.6.3.0/进入安装目录,复制 makefile.include 文件:
编译 VASP 时推荐使用 Intel 的 MKL(Math Kernel Library)数学库。MKL 提供了优化的 BLAS 和 LAPACK 函数和 FFT(快速傅里叶变换)库,这些函数和库可以显著提高 VASP 的计算效率。如果想要使用 Intel 的 MKL 数学库,需要修改 makefile.include 文件中的:
另外,如果希望充分利用多核 CPU 的性能,可以考虑将 -mkl=sequential 修改为 -mkl=parallel ,以提升计算效率。
使用以下命令开始编译:
这里的 all 和 <target> 包括 std、gam、ncl,-j36 代表使用 36 个核编译。另外,在makefile.include中指定OFLAG = -O3可以提高编译性能。编译完成后记得使用命令 logout 退出编译节点。

固定基矢

结构优化过程中固定晶格基矢有两种方法:
方法一
这是网上流传最广的补丁方法,使用输入文件 OPTCELL 固定。根据 这篇博文 的内容重写 ./constr_cell_relax.F 文件再编译即可。
OPTCELL 固定 Z 轴结构优化的范例如下:
方法二
打开 VASP_OPT_AXIS 的 GitHub 页面 ,下载 .zip 补丁文件并解压。cd VASP_OPT_AXIS-master/fixing_stress_tensor/ 可以看到两个补丁文件。其中 stress_relax.patch 等同于前述方法一;而 stress_relax_finner.patch 通过在 INCAR 中设置 IOPTCELL 参数来固定晶格基矢。将 stress_relax_finner.patch 文件复制到 vasp.6.3.0/ 目录,输入以下命令打补丁:
输出 succeeded 表示补丁已经打好。再重新编译 VASP 即可。此时,INCAR 中 IOPTCELL = 1 0 0 1 1 0 0 0 0 实现固定 Z 轴结构优化;IOPTCELL = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 实现固定正交胞结构优化。

添加 VTST 功能

为实现过渡态结构的搜索,需要把 VTST 的一些功能添加到 VASP 中。访问 VTST 官网 下载安装包(例如vtstcode-198.tgz)并拖入集群解压。
编辑 src/main.F 文件,替换以下内容
然后替换以下内容
编辑 src/.objects 文件,在 chain.o 之前插入以下内容:
编辑 src/makefile 文件,找到 LIB 变量,修改如下:
然后找到 dependencies,修改如下:

添加 VASPsol 功能

访问 网址 下载安装包并拖入集群解压。
并在makefile.include中的CPP_OPTIONS=后面添加-Dsol_compat \\即可。

VASPKIT安装LOBSTER键合分析
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