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Lobster键合分析
Lobster（Local Orbital Basis Suite Towards Electronic-Structure Reconstruction）是一个强有力的键合分析工具。下面介绍 Lobster 计算 COOP 和 COHP 的一般计算流程，你可以使用它们来分析 DFT 计算中的成键、反键贡献。
在自洽计算的基础上，
cp scf/ lobster/ 并删除 lobster/ 中的波函数文件 WAVECAR。使用命令 grep NBANDS OUTCAR 查看自洽计算默认的 NBANDS。修改 lobster/INCAR 如下所示：关键设置包括：
- 设置 LWAVE = .T. 输出波函数（静态计算开始前请删除 WAVECAR 避免出错）。
- 注意不要使用 US-PP 超软赝势，使用 PAW 赝势。在计算中尽量避免使用带有
_sv后缀的 POTCAR。
- 请使用 vasp_std，目前尚不支持 vasp_gam 版本。
- 不支持处理对称，所以需要设置 ISYM = 0 或 ISYM = -1 来关闭对称性。
对于复杂体系（如低对称性结构或含缺陷材料），输出 IBZKPT 后，可以
cp IBZKPT KPOINTS，再重新提交作业。cp IBZKPT KPOINTS 往往能显著提升积分精度和 COHP 结果的可靠性，特别是对于局域态和异质界面。如果系统本身具有强烈的自旋-轨道耦合（例如某些重元素或磁性材料），启用 LSORBIT = .T. 能够更真实地描述这些效应。
计算完成后，在当前目录创建一个新的文件夹
lobster_out，将 CONTCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR、OUTCAR、WAVECAR 和 vasprun.xml 复制到这个文件夹中。然后编辑一个名为 lobsterin 的文件，内容如下：saveProjectionToFile 选项会把投影计算结果保存到 projectionData.lobster 中。由于投影计算耗时较长，所以一般在第一次计算的时候设置这个参数；后续计算可以使用 loadProjectionFromFile 参数读取 projectionData.lobster 加速计算。
不确定 cohpGenerator 的键长指定范围时，可以使用命令
python get_bond_total.py 输出 distance.sh，内含不同原子间距对应的所有原子对。也可以使用 OVITO 中的 Coordination analysis 功能查看径向分布函数确认。命令行键入
lobster-4.1.0 即可输出COHPCAR.lobster、ICOHPLIST.lobster、COOPCAR.lobster、ICOOPLIST.lobster 等文件。但集群里更推荐使用 qsub runlobster.pbs 的方式提交作业以避免内存溢出。COHPCAR.lobster 第一列为能量，第二列为指定原子平均的 pCOHP，第三列是 pCOHP 的积分。
ICOHPLIST.lobster 则反映了原子间距和 ICOHP 的关系。推荐使用 wxdragon 进行可视化分析：
python 绘图参考网址。对于非晶体系，wxDragon 可以在 Lobster 输出文件
BWDF.dat 的基础上做键加权分布函数（BWDF）分析。- 作者:wangchr1617
- 链接:https://www.wangchr1617.top/learning/lobster-1
- 声明:本文采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议，转载请注明出处。
