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从头开始离线编译最新版 LAMMPS
编译环境
LAMMPS 需要的编译环境为：
- c/c++ 编译器，如 gcc/icc 等；
- mpi 编译器，如 OpenMPI、MPICH 等；
- fftw 数学库；
下面以 Intel oneAPI 2023、GCC 9.5、FFTW 3.3.10 和 CMake 4.1.2 为例（安装细节见 从头开始离线编译最新版GROMACS），介绍 LAMMPS 的安装。
首先
ssh cu02链接编译节点，然后加载编译环境：提示：对于环境变量管理较为混乱的集群，建议使用
env -i bash --noprofile --norc 启动一个无痕 shell 进行编译，以避免环境干扰。警告：CMake 与 Make 不可混用。若最初使用 CMake 安装 LAMMPS，则后续安装扩展包时必须延续使用 CMake，使用 Make 将导致编译失败。
下载 LAMMPS 源码
访问 下载链接 下载稳定版的 .tar.gz 安装包，拖入集群并使用命令
tar -xzvf lammps-stable.tar.gz 解压。安装扩展包
新增 NEP 扩展
访问樊哲勇老师的仓库下载 NEP_CPU 安装包，依次执行下列命令：
后续正常编译即可。
PLUMED 扩展
访问 PLUMED 官网 下载 PLUMED 安装包，将其上传至集群并解压：
安装完成后，请设置以下环境变量：
后续正常编译即可。
编译 LAMMPS
下面是编译 LAMMPS 的命令
注意事项：
- 需提前配置 Python 3.6 以上的虚拟环境：
- 若为离线安装，需提前从第三方资源页下载 VORONOI 离线安装包，上传至集群后放置于以下路径：
放置完成后，重新执行编译命令：
安装完成后，请设置如下环境变量：
LAMMPS 运行环境设置脚本
以下脚本
setup_env.sh用于配置 LAMMPS 所需的运行环境：source ./setup_env.sh即可加载环境并运行 LAMMPS：若加载 Intel oneAPI 时出现环境冲突报错，可使用以下命令启动无痕环境后再执行脚本：
- 作者:wangchr1617
- 链接:https://www.wangchr1617.top/learning/lammps-1
- 声明:本文采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议，转载请注明出处。
