type
status
date
slug
summary
tags
category
icon
password
从头开始离线编译最新版 GROMACS
为避免环境冲突，环境变量管理混乱的集群不妨使用命令
env -i bash --noprofile --norc 启动一个纯净的 shell 环境以避免旧有环境的干扰。在无痕环境中编译时，注意创建静态链接符号，编译好的二进制文件即可在本地环境中运行。安装 CMake
访问 CMake 官网 下载最新版本的 CMake 二进制包（例如：cmake-4.1.2-linux-x86_64.tar.gz）上传集群解压。
使用以下命令添加 CMake 到环境目录中：
然后使用以下命令验证安装：
安装编译环境 GNU
首先定义一个统一的安装根目录：
按顺序执行以下命令依次安装依赖库。注意，每个库的 configure 步骤都需要指定
--prefix=$PRFDIR 以及告诉它依赖的前一个库在哪里。安装 GMP：
安装 MPFR：
安装 MPC：
安装 isl：
临时添加环境变量：
最后安装 GCC：
vim ~/.bashrc永久添加环境变量：安装 Intel oneAPI
考虑到
ldd --version 发现集群 GLIBC 版本过低（ldd (GNU libc) 2.17），选择安装 2023 版的 Intel oneAPI。下载离线版本的 Intel oneAPI Base Toolkit
和 Intel HPC Toolkit 安装包。拖入集群并 chmod +x *_offline.sh 赋予安装脚本执行权限。Intel oneAPI 不需要在无痕环境中编译，因为安装包自带依赖库。建议先安装 Base toolkit 再安装 HPC toolkit，如果不需要改配置，就一路默认选项即可。
安装完成后验证安装：
安装 FFTW（非必需）
访问 FFTW官网 下载离线安装包，上传集群。依次执行以下命令编译安装 FFTW：
混合编译：可通过
--enable-static同时生成静态库（如 ./configure --enable-shared --enable-static）设置 FFTW 环境变量：
安装 GROMACS
访问 GROMACS官网 下载离线安装包，上传集群。依次执行以下命令编译安装 GROMACS：
注意，此时编译的版本是 CPU 并行版本。如果想使用 Intel oneAPI 自带的 FFTW 数学库，可以修改 cmake 命令为：
最后，设置环境变量：
用于设置 GROMACS 运行环境的脚本
下面是一个创建环境设置脚本的解决方案
setup_gromacs_env.sh：./setup_gromacs_env.sh 运行脚本即可运行 GROMACS。- 作者:wangchr1617
- 链接:https://www.wangchr1617.top/learning/gromacs-1
- 声明:本文采用 CC BY-NC-SA 4.0 许可协议，转载请注明出处。
